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a Ciclo Unico
Scuola di Scienze
BIOLOGIA MOLECOLARE
Insegnamento
BIOINFORMATICA 2
SC05100858, A.A. 2017/18

Informazioni valide per gli studenti immatricolati nell'A.A. 2015/16

Principali informazioni sull'insegnamento
Corso di studio Corso di laurea in
BIOLOGIA MOLECOLARE
SC1166, ordinamento 2015/16, A.A. 2017/18
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Crediti formativi 5.0
Tipo di valutazione Giudizio
Denominazione inglese BIOINFORMATIC 2
Sito della struttura didattica http://biologiamolecolare.scienze.unipd.it/2017/laurea
Dipartimento di riferimento Dipartimento di Biologia
Obbligo di frequenza
Lingua di erogazione ITALIANO
Sede PADOVA
Corso singolo È possibile iscriversi all'insegnamento come corso singolo
Corso a libera scelta È possibile utilizzare l'insegnamento come corso a libera scelta

Docenti
Responsabile CHIARA ROMUALDI BIO/11

Dettaglio crediti formativi
Tipologia Ambito Disciplinare Settore Scientifico-Disciplinare Crediti
ALTRO Altre conoscenze utili per l'inserimento nel mondo del lavoro -- 5.0

Modalità di erogazione
Periodo di erogazione Primo semestre
Anno di corso III Anno
Modalità di erogazione frontale

Organizzazione della didattica
Tipo ore Crediti Ore di
Corso
Ore Studio
Individuale
Turni
LABORATORIO 1.0 16 9.0 Nessun turno
LEZIONE 4.0 32 68.0 Nessun turno

Calendario
Inizio attività didattiche 02/10/2017
Fine attività didattiche 19/01/2018

Syllabus
Prerequisiti: Conoscenze di base di Bioinformatica (banche dati e cenni di programmazione), e conoscenze biologia molecolare, genetica e biochimica.
Conoscenze e abilita' da acquisire: Il corso introdurrà i principali metodi e algoritmi per l’analisi delle sequenze di acidi nucleici e di proteine. Inoltre permetterà allo studente di avere una panoramica generale dell’utilizzo crescente della bioinformatica nelle varie discipline biologiche. Il corso intende formare studenti che abbiano la capacità critica e l’indipendenza scientifica nell’utilizzo dei principali metodi bioinformatici.
Modalita' di esame: L’esame sarà scritto. Il voto finale terrà conto anche del contributo (come bonus) dato dagli studenti durante le esercitazioni.
Criteri di valutazione: Si valuterà:
1) la comprensione dei metodi e degli algoritmi per l’analisi delle sequenze e l’analisi funzionale
2) la capacità di generalizzare e applicare i metodi proposti a casi studio presentati a esercitazione
3) la capacità critica di interpretazione dei risultati ottenuti
Contenuti: 1. Analisi delle sequenze
1.1- Confronto tra sequenze, gli algoritmi globali e locali, misura di significatività statistica di un allineamento
1.2 Matrici di sostituzione (PAM, BLOSUM) e ricerca di una sequenza nei database pubblici, BLAST.
1.3 Allineamenti multipli, ClustalW, T-coffee e altri metodi; ricerca in banche dati con allineamenti multipli
1.4 Alberi filogenetici

2. Analisi Funzionali
2.1 - Ricerca di pattern e motivi funzionali in acidi nucleici e proteine (es. previsione delle proprietà funzionali delle proteine, siti di binding di fattori di trascrizione)
2.2 - Metodi di classificazione
2.3 - Introduzione alla system biology
Attivita' di apprendimento previste e metodologie di insegnamento: Il corso prevede sia lezioni frontali che esercitazioni pratiche svolte al computer. Durante le esercitazioni lo studente dovrà presentare dei resoconti sui risultati ottenuti.
Eventuali indicazioni sui materiali di studio: Le diapositive del corso sono interamente disponibili sul sito del Docente e sul sito E-learning.
Testi di riferimento:
  • Stefano Pascarella e Alessandro Paiardini, Bioinformatica, dalla sequenza alla struttura delle proteine. Bologna: Zanichelli Editore, 2011. Cerca nel catalogo