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a Ciclo Unico
Scuola di Scienze
BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA
Insegnamento
BIOINFORMATICA 2
SC06100858, A.A. 2017/18

Informazioni valide per gli studenti immatricolati nell'A.A. 2017/18

Principali informazioni sull'insegnamento
Corso di studio Corso di laurea magistrale in
BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA
SC1179, ordinamento 2009/10, A.A. 2017/18
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Crediti formativi 6.0
Tipo di valutazione Voto
Denominazione inglese BIOINFORMATIC 2
Sito della struttura didattica http://biologia.scienze.unipd.it/2017/laurea_magistrale_biologiaevoluzionistica
Dipartimento di riferimento Dipartimento di Biologia
Obbligo di frequenza
Lingua di erogazione ITALIANO
Sede PADOVA
Corso singolo È possibile iscriversi all'insegnamento come corso singolo
Corso a libera scelta È possibile utilizzare l'insegnamento come corso a libera scelta

Docenti
Responsabile STEFANIA BORTOLUZZI BIO/13

Dettaglio crediti formativi
Tipologia Ambito Disciplinare Settore Scientifico-Disciplinare Crediti
ALTRO Abilità informatiche e telematiche -- 4.0
CARATTERIZZANTE Discipline del settore biomolecolare BIO/11 2.0

Modalità di erogazione
Periodo di erogazione Primo semestre
Anno di corso I Anno
Modalità di erogazione frontale

Organizzazione della didattica
Tipo ore Crediti Ore di
Corso
Ore Studio
Individuale
Turni
ESERCITAZIONE 1.0 16 9.0 Nessun turno
LABORATORIO 1.0 16 9.0 Nessun turno
LEZIONE 4.0 32 68.0 Nessun turno

Calendario
Inizio attività didattiche 02/10/2017
Fine attività didattiche 19/01/2018

Syllabus
Prerequisiti: Conoscenza di base della genetica e della biologia molecolare. Nozioni di base di informatica.
Conoscenze e abilita' da acquisire: Il corso si propone di dare una panoramica non avanzata ma completa dei principali argomenti della bioinformatica.
Gli studenti acquisiranno capacità di orientarsi nei principali database di dati e conoscenza, svilupperanno abilità nel trattamento di biosequenze (allineamenti, ricerca di similarità), e nella predizione di strutture e funzioni di biomolecole a partire da dati di sequenza.
Gli studenti comprenderanno le potenzialità e le criticità degli approcci NGS per il sequenziamento e il risequenziamento di genomi e trascrittomi.
Modalita' di esame: L'esame sarà scritto.
L'attività pratica verrà monitorata alla fine di ogni esercitazione.
IL Journal Club sarà valutato.
Criteri di valutazione: Nell'esame finale gli studenti dovranno dimostrare una buona omprensione del settore e dovranno sapersi destreggiare con i metodi della ricerca associati ad esso, integrando gli argomenti di questo corso con altre conoscenze.
Contenuti: Database e data retrieval (biosequenze, database secondari e di conoscenza, strutture).
Allineamento di sequenze di acidi nucleici e proteine, matrici di sostituzione, metodi di allineamento esatto e euristici. Ricerca di similarità, BLAST.
Allineamento multiplo di sequenze, Clustal Omega e Tcoffee.
Predizione della struttura tridimensionale delle biomolecule. Folding delle proteine (metodi ab inizio, comparative modeling e threading) e degli RNA.
Risorse Genomiche (NCBI, UCSC Genome Browser, ENSEMBL).
Genome sequencing, assembly, and annotation. Genome resequencing.
Cenni su Metodi di mappaggio per l'analisi di dati NGS e transcriptome assembly.
Genomica comparativa.
Sessioni pratiche sugli argomenti del corso (Shell e Python).
Attivita' di apprendimento previste e metodologie di insegnamento: Il corso sarà tenuto con lezioni frontali (32 ore) e con esercitazioni pratiche (32 ore).
Verrà svolto un Journal Club (Bioinformatica applicata in studi di Genomica Comparativa e Evoluzione Molecolare).
Eventuali indicazioni sui materiali di studio: Testo consigliato:
Bioinformatica. Dalla sequenza alla struttura delle proteine
Stefano Pascarella e Alessandro Paiardini. Zanichelli. 2014

Materiale didattico disponibile sul sito web del docente: http://compgen.bio.unipd.it/~stefania/Didattica/

Altre informazioni su approfondimenti verranno comunicate a lezione.
Testi di riferimento: