Insegnamento
ALGORITMI PER LA BIOINFORMATICA
INN1027815, A.A. 2013/14

Principali informazioni sull'insegnamento
Corso di studio Corso di laurea magistrale in
INGEGNERIA INFORMATICA
IN0521, ordinamento 2009/10, A.A. 2013/14
1087547
Crediti formativi 6.0
Denominazione inglese ALGORITHMS FOR BIOINFORMATICS
Dipartimento di riferimento Dipartimento di Ingegneria dell'Informazione (DEI)
Obbligo di frequenza No
Lingua di erogazione ITALIANO
Sede PADOVA

Docenti
Responsabile CINZIA PIZZI ING-INF/05
Altri docenti MATTEO COMIN ING-INF/05

Dettaglio crediti formativi
Tipologia Ambito Disciplinare Settore Scientifico-Disciplinare Crediti
CARATTERIZZANTE Ingegneria informatica ING-INF/05 6.0

Modalità di erogazione
Periodo di erogazione Secondo semestre
Anno di corso II Anno
Modalità di erogazione frontale

Organizzazione della didattica
Tipo ore Crediti Ore di
Corso
Ore Studio
Individuale
Turni
LEZIONE 6.0 48 102.0 Nessun turno

Calendario
Inizio attività didattiche 03/03/2014
Fine attività didattiche 14/06/2014

Commissioni d'esame
Commissione Dal Al Membri
7 A.A. 2016/2017 01/10/2016 15/03/2018 COMIN MATTEO (Presidente)
PIZZI CINZIA (Membro Effettivo)
FERRARI CARLO (Supplente)
VANDIN FABIO (Supplente)
6 A.A. 2014/2015 01/10/2014 15/03/2016 COMIN MATTEO (Presidente)
PIZZI CINZIA (Membro Effettivo)
FANTOZZI CARLO (Supplente)
5 A.A. 2015/2016 01/10/2015 15/03/2017 COMIN MATTEO (Presidente)
PIZZI CINZIA (Membro Effettivo)
VANDIN FABIO (Supplente)
01/10/2013 15/03/2015 PIZZI CINZIA (Presidente)
COMIN MATTEO (Membro Effettivo)
FANTOZZI CARLO (Supplente)
FERRARI CARLO (Supplente)
PINI MARIA SILVIA (Supplente)
3 2012 01/10/2012 15/03/2014 COMIN MATTEO (Presidente)
PIZZI CINZIA (Membro Effettivo)
2 2012 01/10/2012 15/03/2014 COMIN MATTEO (Presidente)
PIZZI CINZIA (Membro Effettivo)

Syllabus
Prerequisiti:
Conoscenze e abilita' da acquisire: Imparare a tradurre un problema biologico in un problema matematico basato su grafi, alberi e stringhe; conoscere i principali algoritmi per l’analisi di sequenze biologiche; acquisire familiarità con i metodi randomizzati che ricercano soluzioni approssimate per problemi intrattabili; imparare a presentare i risultati di un progetto e a lavorare in gruppo.
Modalita' di esame: Lo studente dovrà sostenere :
- un esame scritto
- un progetto che si compone di una tesina scritta e di una presentazione orale
Criteri di valutazione: Valutazione del grado di apprendimento degli argomenti trattati (attraverso l'esame scritto).

Valutazione della capacita' di saper svolgere un'analisi critica della letteratura su uno specifico argomento (per i progetti di approfondimento bibliografico), capacita' di realizzare un software per una specifica analisi bioinformatica (per i progetti implementativi), capacita' di svolgere un'analisi critica dei risultati (per progetti sperimentali).

Capacita' di presentare i risultati del progetto in forma scritta e con presentazione orale.
Contenuti: Introduzione alla bioinformatica.

Algoritmi per la ricerca e scoperta di motivi funzionali e strutturali (segnali) in sequenze biologiche.

Tecniche di ricerca di segnali e caratterizzazione di sequenze sia basati sull'allineamento che "alignment-free".

Algoritmi per la soluzione di problemi specifici in ambito di genome rearrangement, dna assembly, evoluzione delle specie, metagenomica.

Algoritmi e strutture dati per l'analisi combinatoriale in sequenze.
Attivita' di apprendimento previste e metodologie di insegnamento: Lezioni in Aula
Eventuali indicazioni sui materiali di studio:
Testi di riferimento:
  • Neil C. Jones, Pavel Pevzner, An Introduction To Bioinformatics Algorithms. --: MIT Press, --. Cerca nel catalogo