Insegnamento
BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY
MEP5070877, A.A. 2016/17

Principali informazioni sull'insegnamento
Corso di studio Corso di laurea magistrale in
PHARMACEUTICAL BIOTECHNOLOGIES - BIOTECNOLOGIE FARMACEUTICHE
ME2193, ordinamento 2015/16, A.A. 2016/17
1144620
Crediti formativi 8.0
Denominazione inglese BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY
Dipartimento di riferimento Dipartimento di Scienze del Farmaco (DSF)
Obbligo di frequenza
Lingua di erogazione INGLESE
Sede PADOVA

Docenti
Responsabile SILVIO TOSATTO BIO/10

Dettaglio crediti formativi
Tipologia Ambito Disciplinare Settore Scientifico-Disciplinare Crediti
CARATTERIZZANTE Discipline biotecnologiche comuni BIO/10 8.0

Modalità di erogazione
Periodo di erogazione Secondo semestre
Anno di corso I Anno
Modalità di erogazione frontale

Organizzazione della didattica
Tipo ore Crediti Ore di
Corso
Ore Studio
Individuale
Turni
ESERCITAZIONE 1.0 12 13.0 Nessun turno
LABORATORIO 1.0 15 10.0 Nessun turno
LEZIONE 6.0 48 102.0 Nessun turno

Calendario
Inizio attività didattiche 27/02/2017
Fine attività didattiche 09/06/2017

Commissioni d'esame
Commissione Dal Al Membri
2 Commissione a.a. 2016/17 01/10/2016 30/09/2017 TOSATTO SILVIO (Presidente)
ZANOTTI GIUSEPPE (Membro Effettivo)
CALI' TITO (Supplente)

Syllabus
Prerequisiti: Conoscenze base di bioinformatica, p.es. metodi di allineamento e database.
Conoscenze e abilita' da acquisire: Il corso intende comunicare conoscenze per metodi bioinformatici di analisi delle proteine. Inoltre, intende indurre lo studente a poter svolgere autonomamente ricerche in silico con strumenti bioinformatici disponibili.
Modalita' di esame: L'esame si compone di quattro parti separate, che devono essere superate tutte: (i valori tra parentesi indicano i pesi per il voto complessivo)
1) Valutazione delle esercitazioni (15%)
2) Presentazione journal club (20%)
3) Stesura di una relazione finale su un problema di bioinformatico (30%)
4) Esame scritto con domande di calcolo, aperte brevi e lunghe (35%)
Criteri di valutazione: Viene valutata:
1) la comprensione di concetti e gli algoritmi presentati a lezione
2) la capacità di applicare le nozioni fornite a lezione su problemi reali
3) la capacità critica di saper utilizzare i metodi nei modi più opportuni, scegliendo tra le alternative possibili
4) la capacità espositiva e di discussione critica durante il journal club
Contenuti: 1) Relazione evolutiva struttura/funzione/interazioni delle proteine
2) Teorie di folding ed evoluzione delle proteine
3) Predizione di struttura 3D per omologia e metodi ab initio; L'esperimento CASP
4) Predizione di caratteristiche strutturali
5) Predizione di funzione delle proteine; L'esperimento CAFA
6) Interazioni tra proteine
7) Cenni di Network Biology
8) Correlazione genotipo-fenotipo e proteine; L'esperimento CAGI.
Attivita' di apprendimento previste e metodologie di insegnamento: Il corso si compone di lezioni frontali, esercitazioni pratiche al computer e journal club. Le esercitazioni sono da svolgere secondo le istruzioni fornite e complementate dallo studio di un problema bioinformatico diverso per ogni gruppo. Il journal club si articola in presentazioni di articoli della letteratura recente.
Eventuali indicazioni sui materiali di studio: Sul sito E-learning vengono resi disponibili molti materiali per il corso. Questi comprendono i lucidi del corso, le registrazioni audio (podcast), dispense e la letteratura usata per il journal club.
Testi di riferimento:
  • J. Gu, P.E. Bourne (Ed.), Structural Bioinformatics. --: Wiley, 2009. seconda edizione Cerca nel catalogo