Corsi di Laurea Corsi di Laurea Magistrale Corsi di Laurea Magistrale
a Ciclo Unico
SCIENZE MM.FF.NN.
BIOTECNOLOGIE
Insegnamento
ALTRE ATTIVITA' DI AMBITO INFORMATICO E TELEMATICO
SCP3056656, A.A. 2014/15

Informazioni valide per gli studenti immatricolati nell'A.A. 2012/13

Principali informazioni sull'insegnamento
Corso di studio Corso di laurea in
BIOTECNOLOGIE
IF1839, ordinamento 2011/12, A.A. 2014/15
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Crediti formativi 3.0
Tipo di valutazione Giudizio
Denominazione inglese OTHER ACTIVITIES ON INFORMATION AND COMMUNICATION SUBJECT
Sito della struttura didattica http://biotecnologie.scienze.unipd.it/2014/laurea
Dipartimento di riferimento Dipartimento di Biologia
Obbligo di frequenza No
Lingua di erogazione ITALIANO
Sede PADOVA
Corso singolo È possibile iscriversi all'insegnamento come corso singolo
Corso a libera scelta Insegnamento riservato SOLO agli iscritti al corso di BIOTECNOLOGIE

Docenti
Responsabile FRANCESCO FILIPPINI BIO/11

Mutuante
Codice Insegnamento Responsabile Corso di studio
SCP3056654 INFORMATICA E BIOINFORMATICA FRANCESCO FILIPPINI IF1839

Dettaglio crediti formativi
Tipologia Ambito Disciplinare Settore Scientifico-Disciplinare Crediti
ALTRO Abilità informatiche e telematiche -- 3.0

Organizzazione dell'insegnamento
Periodo di erogazione Secondo semestre
Anno di corso III Anno
Modalità di erogazione frontale

Tipo ore Crediti Ore di
didattica
assistita
Ore Studio
Individuale
LEZIONE 3.0 24 51.0

Calendario
Inizio attività didattiche 02/03/2015
Fine attività didattiche 12/06/2015
Visualizza il calendario delle lezioni Lezioni 2019/20 Ord.2011

Commissioni d'esame
Commissione Dal Al Membri
1 ALTRE ATTIVITA' DI AMBITO INFORMATICO E TELEMATICO 2014-2015 01/10/2014 30/09/2015 FILIPPINI FRANCESCO (Presidente)
DI PIETRO ROBERTO (Membro Effettivo)
BERGANTINO ELISABETTA (Supplente)

Syllabus
Prerequisiti: Conoscenze fondamentali di Biologia Molecolare e di Biochimica (DNA, RNA, proteine, struttura e funzione di geni, regolazione e trascrizione, proteine, domini e siti, clonaggio ed espressione, sequenziamento).
Conoscenze e abilita' da acquisire: Gli studenti dovranno acquisire le conoscenze metodologiche e scientifiche e le abilità applicative relative ai contenuti del corso (illustrati nella sezione "Contenuti").
Modalita' di esame: Per quanto riguarda l'Informatica, lo studente deve superare una prova basata su domande relative agli argomenti della parte di corso.
Per quanto riguarda la Bioinformatica, l'esame prevede accertamenti (report scritti) sulla parte pratica ed un colloquio sulle esercitazioni e sulle nozioni di teoria.
Criteri di valutazione: Coerentemente con l'attesa acquisizione da parte degli studenti sia di conoscenze teoriche che di competenze applicative, la valutazione tiene conto tanto della conoscenza delle basi scientifiche degli argomenti trattati nel corso quanto delle capacità mostrate nell'applicazione pratica.
Pertanto l'esame prevede domande volte a valutare anche le competenze pratiche acquisite nell'uso di strumenti di analisi e predizione.
Contenuti: PARTE DI INFORMATICA:
Argomenti delle lezioni in aula:
- Concetti e nozioni base dell’informatica (architettura di Von Neumann)
- Sistemi Operativi (Unix/Linux e Windows)
- Reti (Internet e World Wide Web, TCP/IP, SSH, e-mail, HTML, motori di ricerca).
In aula informatica saranno coperti i seguenti argomenti:
- Elementi di programmazione utilizzando il linguaggio Python
- Utilizzo degli operatori booleani

PARTE DI BIOINFORMATICA:
La Bioinformatica nel contesto delle Biotecnologie e della Biologia Molecolare. I database biologici e i tools di ricerca. Elementi cruciali dei biodatabase: schede, campi, ID, AC. Principali organizzazioni e biodatabase internazionali: risorse NCBI e EBI per le interrogazioni semplici e complesse. Allineamento di sequenze di DNA e proteine: possibilità, limiti ed interpretazione. Criteri per la valutazione della similarità. Allineamento globale e locale. Scoring system. Matrici "dot plot", PAM e BLOSUM. BLAST: basi algoritmiche, applicazioni base e speciali. Scelta di applicazione e db in funzione delle ricerche, valutazione dei risultati. Tuning per modifica dei settings e reiterazione. Filtri e opzioni di output. Allineamento multiplo. Individuazione/definizione di domini con PSI-BLAST. Marcatori in sequenze di proteine: espressioni regolari e profili. Regioni ripetute: rilevanza biologica di frequenza e distribuzione. Pattern scanning in proteine. PROSITE. Indici di precisione e recall. Pattern promotoriali nel DNA: identificazione di regioni regolative. Predizione di struttura secondarie; allineamenti e marcatori structure-based.
Le esercitazioni verteranno sull'applicazione dei principali tools per la ricerca di similaritàà (applicazioni di BLAST), di espressioni regolari e profili (ScanProsite, PROscan) e sulla loro integrazione come strumenti analitici e predittivi.
Attivita' di apprendimento previste e metodologie di insegnamento: Gli studenti acquisiscono le conoscenze e competenze specifiche sia attraverso la frequenza, le attività e l'interazione con i docenti (lezioni ed esercitazioni), sia attraverso lo studio del materiale didattico messo a disposizione dai docenti.
L'insegnamento relativo all'Informatica prevede sia lezioni frontali in aula che esperienze di programmazione e utilizzo di applicativi software in aula informatica.
L'insegnamento relativo alla Bioinformatica prevede lezioni con esempi, interazione costante durante il corso con domande e risposte, simulazioni applicative "problem solving", esercitazioni in aula informatica con una fase di training seguita da una fase test, simulazioni pre esame con domande, risposte ed esempi di valutazione delle risposte.
Eventuali indicazioni sui materiali di studio: Per la parte di Informatica sono rese disponibili le presentazioni utilizzate a lezione e per la programmazione in Python si fa riferimento a parti del libro scaricabile liberamente da http://www.python.it/doc/Howtothink/HowToThink_ITA.pdf
Per la parte di Bioinformatica il docente ha creato un sito web che viene aggiornato annualmente ed attraverso il quale gli studenti possono accedere alla guida on line alle esercitazioni, scaricare liberamente i materiali didattici (dispense sugli argomenti del programma), visualizzare il calendario di lezioni ed esercitazioni, avvisi ecc., nonchè collegarsi ad utili risorse remote (siti web di server con database e tools pubblici per analisi bioinformatiche).
Testi di riferimento:
  • J. Glenn Brookshear, Informatica. Una panoramica generale. -: Pearson, 2006. Testo di riferimento per la parte di Informatica; verrà utilizzato solo per parti relative agli argomenti coperti dall'insegnamento. Cerca nel catalogo