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a Ciclo Unico
Scuola di Scienze
BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA
Insegnamento
FILOGENESI MOLECOLARE
SCN1031435, A.A. 2015/16

Informazioni valide per gli studenti immatricolati nell'A.A. 2015/16

Principali informazioni sull'insegnamento
Corso di studio Corso di laurea magistrale in
BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA
SC1179, ordinamento 2009/10, A.A. 2015/16
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Crediti formativi 6.0
Tipo di valutazione Voto
Denominazione inglese MOLECULAR PHYLOGENY
Sito della struttura didattica http://biologia.scienze.unipd.it/2015/laurea_magistrale_biologiaevoluzionistica
Dipartimento di riferimento Dipartimento di Biologia
Sito E-Learning https://elearning.unipd.it/biologia/course/view.php?idnumber=2015-SC1179-000ZZ-2015-SCN1031435-N0
Obbligo di frequenza
Lingua di erogazione ITALIANO
Sede PADOVA
Corso singolo È possibile iscriversi all'insegnamento come corso singolo
Corso a libera scelta È possibile utilizzare l'insegnamento come corso a libera scelta

Docenti
Responsabile ALESSANDRO GRAPPUTO BIO/05

Dettaglio crediti formativi
Tipologia Ambito Disciplinare Settore Scientifico-Disciplinare Crediti
AFFINE/INTEGRATIVA Attività formative affini o integrative BIO/05 1.0
CARATTERIZZANTE Discipline del settore biomolecolare BIO/11 5.0

Organizzazione dell'insegnamento
Periodo di erogazione Secondo semestre
Anno di corso I Anno
Modalità di erogazione frontale

Tipo ore Crediti Ore di
didattica
assistita
Ore Studio
Individuale
LABORATORIO 1.0 16 9.0
LEZIONE 5.0 40 85.0

Calendario
Inizio attività didattiche 01/03/2016
Fine attività didattiche 15/06/2016
Visualizza il calendario delle lezioni Lezioni 2019/20 Ord.2018

Commissioni d'esame
Commissione Dal Al Membri
7 FILOGENESI MOLECOLARE PROROGA 2017 01/10/2018 30/11/2019 GRAPPUTO ALESSANDRO (Presidente)
PILASTRO ANDREA AUGUSTO (Membro Effettivo)
ZANE LORENZO (Supplente)
6 FILOGENESI MOLECOLARE 2017/2018 01/10/2017 25/11/2018 GRAPPUTO ALESSANDRO (Presidente)
PILASTRO ANDREA AUGUSTO (Membro Effettivo)
ZANE LORENZO (Supplente)
5 FILOGENESI MOLECOLARE 2016-2017 01/10/2016 30/11/2017 GRAPPUTO ALESSANDRO (Presidente)
PILASTRO ANDREA AUGUSTO (Membro Effettivo)
ZANE LORENZO (Supplente)
4 Filogenesi Molecolare 2015-2016 01/10/2015 30/09/2016 GRAPPUTO ALESSANDRO (Presidente)
PILASTRO ANDREA AUGUSTO (Membro Effettivo)
ZANE LORENZO (Supplente)

Syllabus
Prerequisiti: Non sono richieste propedeuticità, ma conoscenze di base di genetica, biologia evoluzionistica, informatica e bioinformatica
Conoscenze e abilita' da acquisire: Dalla frequenza di questo corso gli studenti dovrebbero acquisire gli elementi di base utili per affrontare l'analisi e l'interpretazione di dati di sequenziamento in una prospettiva di tipo evolutivo.
Modalita' di esame: Scritto
Criteri di valutazione: Lo studente sarà valutato sulla base delle conoscenze acquisite e della capacità di utilizzare gli strumenti molecolari ed informatici necessari per analizzare dati ed interpretare alberi filogenetici.
Contenuti: Lezioni frontali:

Lo studio dell'evoluzione a livello molecolare costituisce un settore di ricerca che sfrutta il connubio tra i più' recenti progressi della biologia molecolare e la tecnologia informatica. Durante il corso verranno trattati i principali aspetti dell'evoluzione molecolare e della filogenesi. In particolare si considereranno:
le diverse tipologie di dati molecolari e le tecniche per la loro raccolta;
l'allineamento delle sequenze;
il confronto di sequenze di DNA e proteiche per il calcolo di distanze genetiche;
i meccanismi di evoluzione molecolare e la teoria della neutralità selettiva;
i modelli di sostituzione nucleotidica;
l'identificazione delle specie mediante sequenziamento di DNA (barcoding);
la ricostruzione filogenetica basata sui concetti di massima parsimonia, di distanza genetica, di massima verosimiglianza e bayesiana;
l'impiego di sequenze geniche multiple mediante concatenamento e supertrees;
il concetto di orologio molecolare;
la selezione Darwiniana a livello molecolare e le tecniche per rilevarla;
i progetti di sequenziamento genomico e la filogenomica.

Laboratorio:

Identificazione molecolare di specie (barcoding); Estrazione del DNA da campioni sconosciuti, PCR e sequenziamento di DNA mitocondriale;

Laboratorio bionformatico:

lettura dei cromatogrammi; utilizzo del barcode database BOLD e GenBank per l'identificazione di specie;
ricostruzione filogenetica con i principali algoritmi con l'uso di MEGA.
Attivita' di apprendimento previste e metodologie di insegnamento: Il corso consiste di 40 ore di didattica frontale e 16 ore di laboratorio. Le ore di laboratorio sono suddivise in una parte molecolare pratica, con estrazioni di DNA, PCR e sequenziamento da campioni biologici e una bioinformatica. I laboratori comprenderanno lavori individuali e/o di gruppo nei quali gli studenti analizzeranno casi di studio e applicheranno i metodi studiati.
Eventuali indicazioni sui materiali di studio: Diapositive esposte a lezione e articoli assegnati sono disponibili su piattaforma elearning
Testi di riferimento:
  • Lemey P., Salemi M., Vadamme A., The phylogenetic handbook. II edition. Cambridge UK: Cambridge, 2009. In inglese Cerca nel catalogo