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a Ciclo Unico
Scuola di Scienze
BIOLOGIA MOLECOLARE
Insegnamento
BIOINFORMATICA 2
SC05100858, A.A. 2018/19

Informazioni valide per gli studenti immatricolati nell'A.A. 2016/17

Principali informazioni sull'insegnamento
Corso di studio Corso di laurea in
BIOLOGIA MOLECOLARE
SC1166, ordinamento 2015/16, A.A. 2018/19
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Crediti formativi 5.0
Tipo di valutazione Giudizio
Denominazione inglese BIOINFORMATIC 2
Sito della struttura didattica http://biologiamolecolare.scienze.unipd.it/2018/laurea
Dipartimento di riferimento Dipartimento di Biologia
Sito E-Learning https://elearning.unipd.it/biologia/course/view.php?idnumber=2018-SC1166-000ZZ-2016-SC05100858-N0
Obbligo di frequenza
Lingua di erogazione ITALIANO
Sede PADOVA
Corso singolo È possibile iscriversi all'insegnamento come corso singolo
Corso a libera scelta È possibile utilizzare l'insegnamento come corso a libera scelta

Docenti
Responsabile CHIARA ROMUALDI BIO/11

Dettaglio crediti formativi
Tipologia Ambito Disciplinare Settore Scientifico-Disciplinare Crediti
ALTRO Altre conoscenze utili per l'inserimento nel mondo del lavoro -- 5.0

Organizzazione dell'insegnamento
Periodo di erogazione Primo semestre
Anno di corso III Anno
Modalità di erogazione frontale

Tipo ore Crediti Ore di
didattica
assistita
Ore Studio
Individuale
LABORATORIO 1.0 16 9.0
LEZIONE 4.0 32 68.0

Calendario
Inizio attività didattiche 01/10/2018
Fine attività didattiche 18/01/2019

Commissioni d'esame
Commissione Dal Al Membri
7 BIOINFORMATICA 2 2018-2019 01/10/2018 30/11/2019 ROMUALDI CHIARA (Presidente)
SALES GABRIELE (Membro Effettivo)
VEZZI ALESSANDRO (Supplente)
6 BIOINFORMATICA 2 2017/2018 01/10/2017 25/11/2018 ROMUALDI CHIARA (Presidente)
SALES GABRIELE (Membro Effettivo)
VEZZI ALESSANDRO (Supplente)

Syllabus
Prerequisiti: Conoscenze di base di Bioinformatica (banche dati e cenni di programmazione) e conoscenze biologia molecolare, genetica e biochimica.
Conoscenze e abilita' da acquisire: Il corso presenta i principali metodi e algoritmi per l’analisi delle sequenze di acidi nucleici e di proteine. Inoltre permette di avere una panoramica generale dell’utilizzo crescente della bioinformatica nelle varie discipline biologiche. Il corso intende formare studenti che abbiano la capacità critica e l’indipendenza scientifica nell’utilizzo dei principali metodi bioinformatici.
Modalita' di esame: La verifica delle conoscenze acquisite avviene attraverso una prova scritta in cui lo studente deve rispondere a domande aperte e svolgere alcuni esercizi.
La prova è volta a valutare la conoscenza dei temi trattati, il lessico scientifico, la capacità di sintesi e di discussione critica acquisite durante il corso.
Criteri di valutazione: Si valuterà:
1) la comprensione degli argomenti trattati a lezione
2) la capacità di generalizzare e applicare i metodi proposti a casi studio
3) La capacità di sintesi e di proprietà linguistica nel settore
4) la capacità critica di interpretazione di risultati di casi studio
Contenuti: 1. Analisi delle sequenze
1.1- Confronto tra sequenze, gli algoritmi globali e locali, misura di significatività statistica di un allineamento
1.2 Matrici di sostituzione (PAM, BLOSUM) e ricerca di una sequenza nei database pubblici, BLAST.
1.3 Allineamenti multipli, ClustalW, T-coffee e altri metodi; ricerca in banche dati con allineamenti multipli
1.4 Ricerca di domini, matrici profilo e modelli di Markov

2. Alberi filogenetici
2.1 UPGMA
2.2 Neighbour-joining
2.3 alberi di massima verosimiglianza

3. Predizione della struttura delle proteine
3.1 struttura secondaria
3.2 struttura terziaria

4- Introduzione alla system biology
4.1. Introduzione all'analisi dei dati NGS
4.2. Introduzione ai network
Attivita' di apprendimento previste e metodologie di insegnamento: Il corso è organizzato sia con lezioni frontali che con esercitazioni pratiche svolte al computer. L'insegnamento è interattivo, con domande e presentazione di casi di studio, per promuovere la discussione e la riflessione critica in aula.
Inoltre durante le esercitazioni lo studente affronta problemi specifici, presentando alla fine di ogni esercitazione un resoconto sull'attività svolta e sui risultati ottenuti.
Eventuali indicazioni sui materiali di studio: Le diapositive delle lezioni frontali del corso e lo schema delle esercitazioni da svolgere al computer sono interamente disponibili sul sito del Docente e sul sito E-learning.
Testi di riferimento:
  • Stefano Pascarella e Alessandro Paiardini, Bioinformatica, dalla sequenza alla struttura delle proteine. Bologna: Zanichelli Editore, 2011. Cerca nel catalogo

Didattica innovativa: Strategie di insegnamento e apprendimento previste
  • Laboratory
  • Case study
  • Interactive lecturing
  • Working in group
  • Quiz o test a correzione automatica per feedback periodico o per esami
  • Utilizzo di video disponibili online o realizzati
  • Files e pagine caricati online (pagine web, Moodle, ...)

Didattica innovativa: Software o applicazioni utilizzati
  • Moodle (files, quiz, workshop, ...)

Obiettivi Agenda 2030 per lo sviluppo sostenibile
Salute e Benessere La vita sulla Terra