Didattica - Università degli Studi di Padova

Syllabus

Prerequisiti:	Non sono richieste nozioni particolari per poter frequentare l'insegnamento. L'insegnamento non prevede propedeuticità.
Conoscenze e abilita' da acquisire:	Obiettivo dell'insegnamento è quello di permettere allo studente di acquisire alcune conoscenze di base relativamente all'Informatica e la Bioinformatica. Per quanto riguarda l'Informatica, l'insegnamento si propone di dare una introduzione alla struttura e funzionamento di un computer, con particolare attenzione al sistema operativo e alla comunicazione in rete. Saranno inoltre introdotti i concetti base relativi alle basi di dati e al web. Infine lo studente sarà introdotto alla programmazione in python e ai principali software di produzione personale tramite lezioni ed esercitazioni in aula informatica. Per quanto riguarda la Bioinformatica si acquisiscono conoscenze ed abilità in campo informatico mirate: 1) al reperimento di informazioni scientifiche; 2) all’analisi e allo studio delle sequenze di acidi nucleici e proteine.
Modalita' di esame:	Per quanto riguarda l'Informatica, lo studente deve superare uno scritto e una prova pratica al calcolatore che riguarderà le attività svolte in aula informatica. Se ritenuto opportuno, il docente può integrare l'esame scritto tramite esame orale. Per la parte di Bioinformatica l'esame e' un test scritto con domande multiple riguardanti gli argomenti affrontati a lezione ed esercitazione.
Criteri di valutazione:	Per quanto riguarda l'Informatica, l'esame scritto contiene alcune domande che consentono di valutare il livello di apprendimento delle nozioni impartite durante il corso. La prova pratica sarà svolta in aula informatica e valuterà la capacità dello studente di applicare quanto appreso a lezione. Nella parte di Bioinformatica si valuta il livello di conoscenza acquisita e grado di abilità operativa.
Contenuti:	Le nozioni relative all'Informatica coperte in aula saranno le seguenti: - Concetti e nozioni di base dell’informatica (architettura di Von Neumann) - Sistemi Operativi (Unix/Linux e Windows) - Reti (Internet e il World Wide Web, TCP/IP, SSH, posta elettronica, HTML, motori di ricerca). In aula informatica saranno coperti i seguenti argomenti: - Elementi di programmazione utilizzando il linguaggio Python - Utilizzo di software di produttività personale (in particolare, editori di testo e fogli elettronici) Nella parte di Bioinformatica vengono presentate le diverse tipologie di dati biologici e le modalità della loro memorizzazione nei database biologici primari e secondari. Gli argomenti trattati introducono al reperimento, l’organizzazione, la struttura e l’utilizzo delle principali risorse informatiche a carattere biologico disponibili in rete, con approfondimenti sulle principali risorse disponibili all’NCBI. Sono inoltre spiegate le potenzialità dei browser genomici come ulteriore risorsa utile al reperimento di dati biologici. Alcuni concetti alla base dell’evoluzione sono introdotti affrontando la comparazione di sequenze biologiche tramite analisi di allineamento. Durante le esercitazioni al computer viene descritto come individuare ed interpretare specifiche informazioni di carattere biologico ottenute da banche dati di citazioni bibliografiche, di sequenze nucleotidiche e proteiche, di malattie genetiche. Le ricerche vengono effettuate sia mediante query complesse nelle specifiche banche dati, sia mediante l’utilizzo di browser genomici. Sono inoltre svolte le analisi di similarità che stanno alla base della comparazione tra sequenze nucleotidiche e aminoacidiche.
Attivita' di apprendimento previste e metodologie di insegnamento:	L'insegnamento prevede sia lezioni frontali in aula che esperienze di programmazione e utilizzo di applicativi software in aula informatica.
Eventuali indicazioni sui materiali di studio:	Per la parte di Informatica vengono rese disponibili, come riferimento, i lucidi utilizzati a lezione. Per la programmazione in Python si farà riferimento a parti del libro: Downey, J. Elkner, C. Meyers. “Pensare da Informatico, Imparare con Python” scaricabile liberamente da http://www.python.it/doc/Howtothink/HowToThink_ITA.pdf Per la parte di Bioinformatica il materiale didattico è disponibile nel sito web didattica.cribi.unipd.it/bioinfo.
Testi di riferimento: