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a Ciclo Unico
Scuola di Scienze
BIOLOGIA MOLECOLARE
Insegnamento
DATI OMICI: DISEGNO DELL'ESPERIMENTO E ANALISI
SCP9088298, A.A. 2019/20

Informazioni valide per gli studenti immatricolati nell'A.A. 2017/18

Principali informazioni sull'insegnamento
Corso di studio Corso di laurea in
BIOLOGIA MOLECOLARE
SC1166, ordinamento 2015/16, A.A. 2019/20
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Crediti formativi 6.0
Tipo di valutazione Voto
Denominazione inglese OMIC DATASETS: EXPERIMENTAL DESIGN AND ANALYSIS
Sito della struttura didattica http://biologiamolecolare.scienze.unipd.it/2019/laurea
Dipartimento di riferimento Dipartimento di Biologia
Obbligo di frequenza
Lingua di erogazione ITALIANO
Sede PADOVA
Corso singolo È possibile iscriversi all'insegnamento come corso singolo
Corso a libera scelta È possibile utilizzare l'insegnamento come corso a libera scelta

Docenti
Responsabile CHIARA ROMUALDI BIO/11
Altri docenti GABRIELE SALES BIO/18

Dettaglio crediti formativi
Tipologia Ambito Disciplinare Settore Scientifico-Disciplinare Crediti
AFFINE/INTEGRATIVA Attività formative affini o integrative BIO/11 3.0
AFFINE/INTEGRATIVA Attività formative affini o integrative BIO/18 3.0

Organizzazione dell'insegnamento
Periodo di erogazione Secondo semestre
Anno di corso III Anno
Modalità di erogazione frontale

Tipo ore Crediti Ore di
didattica
assistita
Ore Studio
Individuale
ESERCITAZIONE 2.0 32 18.0
LEZIONE 4.0 32 68.0

Calendario
Inizio attività didattiche 02/03/2020
Fine attività didattiche 12/06/2020
Visualizza il calendario delle lezioni Lezioni 2019/20 Ord.2015

Syllabus
Prerequisiti: Conoscenze delle basi fondamentali della Bioinformatica (Informatica e bioinformatica, Bioinformatica II) e conoscenze di base di biologia molecolare, genetica e biochimica.
Conoscenze e abilita' da acquisire: Il corso presenta da un punto di vista teorico e pratico i principali metodi e algoritmi per l’analisi dei dati di sequenziamento provenienti da tecnologie di ultima generazione e da allo studente una panoramica generale delle tecniche più utilizzate per la gestione e l’analisi dei dati di trascrittomica e genomica. Il corso intende formare studenti che abbiano la capacità critica e l’indipendenza scientifica nell’utilizzo dei principali metodi bioinformatici in questo contesto.
Modalita' di esame: La verifica delle conoscenze acquisite avviene attraverso una prova scritta in cui lo studente deve rispondere a domande aperte e svolgere alcuni esercizi. Inoltre, la valutazione finale terrà conto del lavoro svolto dallo studente durante il corso che consiste nella presentazione dei risultati ottenuti da un caso studio a loro affidato durante le esercitazioni.
La prova è volta a valutare la conoscenza dei temi trattati, il lessico scientifico, la capacità di sintesi e di discussione critica acquisite durante il corso.
Criteri di valutazione: Si valuterà:
1) la comprensione degli argomenti trattati a lezione
2) la capacità di generalizzare e applicare i metodi proposti a casi studio
3) La capacità di sintesi e di proprietà linguistica nel settore
4) la capacità critica di interpretazione di risultati di casi studio
Contenuti: 1. Il sistema di programmazione statistico R
- Comandi di base e interfaccia con il sistema operativo
- Installazione di pacchetti, utilizzo di Bioconductor
- Ambiente grafico RStudio
- Utilizzo di notebook per l’analisi e la presentazione dei dati
2. Metodi di allineamento per dati NGS
- Trasformazione Burrows–Weeler, indicizzazione del genoma
- Controllo della qualità
- Metodi di quantificazione dell’espressione genica (RSEM, Salmon)
3. Analisi dei dati di espressione genica
- Normalizzazione
- Test per l’analisi Differenziale di espressione
- Metodi di analisi funzionale per l’interpretazione dei dati
4. Analisi delle varianti del DNA
- Filtri di qualità
- Test per il variant calling
5. Network biologici
- Banche dati di pathway
- Visualizzazione grafica
- Strumenti di analisi statistica
Attivita' di apprendimento previste e metodologie di insegnamento: Il corso è diviso in lezioni frontali ed esercitazioni pratiche svolte al computer. L'insegnamento è interattivo, con domande e presentazione di casi di studio, per promuovere la discussione e la riflessione critica in aula.
Inoltre durante le esercitazioni lo studente affronta problemi specifici, presentando alla fine di ogni esercitazione un resoconto sull'attività svolta e sui risultati ottenuti.
Eventuali indicazioni sui materiali di studio: Le diapositive delle lezioni frontali del corso e lo schema delle esercitazioni da svolgere al computer sono interamente disponibili sul sito del Docente e sul sito E-learning.
Testi di riferimento: