PIZZI CINZIA

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Struttura Dipartimento di Ingegneria dell'Informazione (DEI)
Telefono 0498277921
Qualifica Professore associato confermato
Settore scientifico ING-INF/05 - SISTEMI DI ELABORAZIONE DELLE INFORMAZIONI
Rubrica di Ateneo  Visualizza
 

Orario di ricevimento
Stanza 402, quarto piano sede DEI/G del Dipartimento di Ingegneria dell'Informazione - via Gradenigo 6 - Padova Si prega di inviare una mail per richiedere un appuntamento.
(aggiornato il 23/01/2020 10:28)

Proposte di tesi
Sono disponibili tesi di laurea triennale e magistrale per studenti delle lauree triennali in Ingegneria dell'Informazione e Ingegneria Informatica, e per lauree magistrali in Ingegneria Informatica o nell'area dell'Ingegneria dell'Informazione.

I temi riguardano algoritmi e strutture dati per l'analisi di sequenze e grafi con applicazione, in particolare, all'analisi genomica (DNA di singole specie) e metagenomica (DNA di piu' specie presenti nel medesimo ambiente). I problemi proposti possono riguardare la scoperta di segnali che hanno un ruolo biologico attraverso analisi statistiche, oppure la classificazione o il clustering delle specie.

Vista la generalita' delle strutture dati utilizzate e la modellazione dei dati in termini di stringhe o grafi e' possibile che siano disponibili tesi anche in altri abiti, oltre alla bioinformatica. A titolo esemplificativo, sono state svolte in passato tesi relative all'analisi dal punto di vista sociologico di testi riguardanti un dato periodo storico, allo studio di reti sociali dinamiche per modellare flussi migratori, e all'analisi di blog.

Per maggiori informazioni contattare direttamente il docente.

Curriculum Vitae
C.Pizzi è professore associato al Dipartimento di Ingegneria dell'Informazione, presso l'Universita' degli Studi di Padova. La sua ricerca e' nell'ambito di algoritmi e strutture dati per l'analisi di sequenze attraverso tecniche di pattern mining, con principale ambito applicativo la bioinformatica. In particolare si occupa della progettazione e sviluppo di metodi alignment-free per la genomica e la metagenomica.

C.Pizzi ha conseguito la Laurea in Ing. Informatica nel 2001 (con lode) e il dottorato in Ing. Informatica ed Elettronica Ind. presso Univ. di Padova nel 2005. Dopo una borsa di studio Marie-Curie presso European Bioinformatics Institute (EBI), è stata postdoc al Dip. di Informatica, Univ. di Helsinki, e nel 2007 ha ottenuto una INRIA fellowship presso Univ. Lyon I. Nel 2008 è rientrata all'Univ. di Padova, dove ha vinto il premio di ricerca "Avere Trent'anni", e nel 2010 ha ricevuto la nomination come "Outstanding Young Researcher" dal Dip. di Ing. dell'Informazione. Ha visitato il Renyi Inst. of Math. (Accademia delle Scienze Ungherese), GeorgiaTech e Purdue Univ. (USA), EBI (Cambridge, UK), Seoul Univ. Ha tenuto seminari su invito in diversi instituti internazionali. È revisore per riviste e conferenze intl. di Informatica e Bioinformatica. La sua ricerca è stata supportata da: PRIN 2012 (PI), progetti di ateneo, EU project HuBi, Marie Curie Transfer of Knowledge e Early Stage fellowships; INRIA fellowship; EU project Regulatory Genomics, Academy of Finland.

Esperienza nell'ambito della Didattica, DEI, Univ. di Padova
C.Pizzi insegna il corso Fondamenti di Informatica per la laurea in Ingegneria Informatica e il corso Strutture Dati e Programmazione a Statistica. In passato e' stata titolare dei corsi: Informatica Teorica e Algoritmi per la Bioinformatica.

È stata relatore e correlatore di oltre 30 tesi di Laurea Triennale, Specialistica e Magistrale in Ing. Informatica e dell’Informazione.

Attività di servizio alla Comunità Scientifica
C.Pizzi è stata membro di Comitato di Programma di numerose conferenze internazionali tra cui RECOMB, WABI, SPIRE. È revisore per numerose riviste internazionali, tra cui Theoretical Computer Science, Bioinformatics, PLOS Computational Biology, Journal of Discrete Algorithms, BMC Bioinformatics, ACM/IEEE Transaction in Computational Biology.

Borse e premi di studio
Nomination “Outstanding Young Researcher”, 2010; Premio di Ricerca "Avere Trent'Anni", 2008; EU Marie-Curie Fellowship, 2005; borsa di dottorato, 2003-2004; Fondazione Ing.A.Gini: borsa di studio 98/99 e Premio di ricerca 1999; borsa di studio Erasmus 98/99

Invited talks
C.Pizzi e' invited speaker a Computability in Europe 2020 (Combinatorial String Matching session). In passato ha tenuto seminari su invito presso prestigiose Universita' e Istituti internazionali (tra cui Univ. of Oxford, Helsinki Univ., Bielefeld Univ., Lyon Univ., Texas A&M Univ., Hungarian Academy of Science).

Aree di ricerca
Algoritmi e strutture dati per l'analisi di dati rappresentabili come insiemi di stringhe e grafi in ambito bioinformatico e sociale e per lo studio della loro evoluzione temporale.

String algorithms
Bioinformatics
Pattern Matching
Pattern Discovery
Data structures
Temporal Data Analysis
Computational Biology
Computational Social Science

Pubblicazioni
Selected Publications:

INTERNATIONAL JOURNAL
- L.Parida, C.Pizzi, S.E.Rombo
Irredundant Tandem Motifs
Theoretical Computer Science, 525:89-102, 2014
- A.Apostolico, P.L.Erdos, E.Gyory, Z.Liptak, C.Pizzi
Efficient Algorithms for the Periodic Subgraphs Mining Problem
Journal of Discrete Algorithms,17:24-30,2012
- A.Apostolico, C.Pizzi, E.Ukkonen
Efficient Algorithms for the Discovery of Gapped Factors
Algorithms for Molecular Biology,6:5,2011
- A.Apostolico, M.Barbares, C.Pizzi
Speedup for a Periodic Subgraph Miner
Information Processing Letters,111:521-523,2011
- C.Pizzi, P.Rastas, E.Ukkonen
Finding significant matches of position weight matrices in linear time
IEEE Transaction on Computational Biology and Bioinformatics,8(1):69-79,2011
- J.Korhonen, P.Martinmaki, C.Pizzi, P.Rastas, E.Ukkonen
MOODS: fast search for position weight matrix matches in DNA sequences
Bioinformatics,25(23):3181-3182,2009
- C.Pizzi
k-difference matching in amortized linear time for all the words in a text
Theoretical Computer Science,410(8-10):983-987,2009
- A.Apostolico, C.Pizzi
Scoring Unusual Words with Varying Mismatch Errors
Mathematics in Computer Science, Special Issue in Combinatorial Algorithms,1(4):639-653,2008
- C.Pizzi, E.Ukkonen
Fast Profile Matching Algorithms
Theoretical Computer Science,395(2-3):137--157, Special Issue SAIL: String Algorithms, Information and Learning,2008
- A.Apostolico, C.Pizzi
Motif Discovery by Monotone Scores
Discrete Applied Mathematics,155(6-7):695-706,2007, Computational Molecular Biology Series
- C.Pizzi, S.Bortoluzzi, A.Bisognin, A.Coppe, G.A.Danieli
Detecting Seeded Motifs in DNA Sequences
Nucleic Acids Research,33:e135,2005,Cover Paper
- S.Bortoluzzi, A.Coppe, A.Bisognin, C.Pizzi, G.A.Danieli
A Multistep Bioinformatic Approach Detects Putative Regulatory Elements in Gene Promoters
BMC Bioinformatics,6:121,2005

BOOK CHAPTERS
C.Pizzi
Motif discovery with compact approaches - design and applications
In: Ning-Sun Yang (ED) Systems and Computational Biology - Molecular and Cellular Experimental Systems,217-234,Intech 2011

INTERNATIONAL CONFERENCES
- A.Apostolico, C.Guerra, C.Pizzi
Alignment Free Sequence Similarity with Bounded Hamming Distance\
In Proc. of Data Compression Conference (DCC 2014), to appear
- L.Parida, C.Pizzi, S.E.Rombo
Characterization and Extraction of Irredundant Tandem Motifs
In proc. String Processing and Information Retrieval (SPIRE),LNCS7608,385-397,2012
- C.Pizzi
Efficient Computation of Statistics for Words with Mismatches
In proc. of Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks and Phylogenies,2010
- C.Pizzi, M.Bianco
Expectation of Strings with Mismatches Under Markov Chain Distribution
In proc. String Processing and Information Retrieval (SPIRE),LNCS5721,222-233,2009
- C.Pizzi, E.Ukkonen
Efficient Discovery of Significant Co-occurrences with an Application to Dyad Motif Finding(abs.)
In Proc. of RECOMB Satellite on Regulatory Genomics, 2007
- C.Pizzi, P.Rastas, E.Ukkonen
Fast Search Algorithms for Position Specific Scoring Matrices
In proc. of Conference on Bioinformatics Research and Development,LNCS4414,239-250,2007
- A.Apostolico, C.Pizzi
Monotone Scoring of Pattern with Mismatches
In proc. Workshop on Algorithms for Bioinformatics (WABI),LNCS3240,87-98,2004
- A.Apostolico, G.Satta, C.Pizzi
Optimal Discovery of Subword Association in Strings
In proc. Intl. Conf. on Discovery Science, LNCS3245,270-277,2004

Insegnamenti dell'AA 2019/20
Corso di studio (?) Curr. Codice Insegnamento CFU Anno Periodo Lingua Responsabile
IN0507 COMUNE IN18103361 9 I Anno (2019/20) Primo
semestre
ITA CINZIA PIZZI
IN0508 COMUNE IN18103361 9 I Anno (2019/20) Primo
semestre
ITA CINZIA PIZZI
IN0513 COMUNE IN18103361 9 I Anno (2019/20) Primo
semestre
ITA CINZIA PIZZI
SC2094 COMUNE SCP7081518 6 I Anno (2019/20) Secondo
semestre
ITA CINZIA PIZZI
SC2095 COMUNE SCP7081518 6 I Anno (2019/20) Secondo
semestre
ITA CINZIA PIZZI